Jedynym niezawodnym sposobem zdiagnozowania endometriozy jest wykonanie laparoskopii, podczas której wykonuje się biopsję tkanek. W trakcie badania usuwa się miejsca występowania endometriozy, zrosty spowodowane przez te zmiany, co często powoduje zmniejszenie dolegliwości bólowych, a także zwiększenie szans na zajście w ciążę.